El Artículo 42 del Reglamento de la Carta Constitutiva de la OLACEFS establece que, para el cumplimiento de las atribuciones, los miembros de la OLACEFS se agrupan en Comités (2), Comisiones Técnicas (5) y un Grupo de Trabajo, el cual tendrá un número ilimitado de miembros.
Además de la Carta Constitutiva, el Reglamento citado, las instancias de trabajo se sujetan a la Guía operativa para el funcionamiento de comités, comisiones y grupos de trabajo, la cual regula la creación, funcionamiento y término de los Comités, Comisiones y Grupos de Trabajo de la OLACEFS, identificando las instancias responsables, funciones, criterios, procedimientos y normas que, en general, reglamenten estas materias.
Actualmente, las instancias de trabajo de la OLACEFS están presididas como sigue:
El período de Presidencia de OLACEFS, Comités, Comisiones y Grupos de Trabajo, es trianual, comienza el 1 de enero y culmina el 31 de diciembre del tercer año. Dicho mandato podrá prorrogarse por una única vez, con excepción de la Presidencia de OLACEFS que no es reelegible inmediatamente. Concluido el período de presidencia, por uno o dos períodos, según proceda, la EFS que quiera volver a ocupar la posición deberá esperar el transcurso de un período completo.
Por su parte, la Secretaría Ejecutiva dura seis años en el cargo y puede prorrogarse por 3 años adicionales.